עוד מימי קדם הייתה יריבות בין עובדי האדמה, שהוציאו את לחמם בזיעת אפיים, לבין רועי צאן ובקר שעלו עם עדריהם על השדות וגרמו נזקים ליבולי השדה. בתקופת המשנה והתלמוד אסרו על גידול עיזים בגלל הנזקים שהן גרמו לשטחי הגן והמזרע. לאחר קום המדינה, צומצם ענף גידול העיזים, שהתבסס על מרעה בחורש הטבעי ובשטחי הבר הפתוחים, בשל אותה דעה על העזים ונזקיהן. אולם שנים לאחר מכן,  החוקרים התחילו לטעון שגידול עיזים ופרות בחורש הטבעי עוזר בדילול סבך החורש ומונע שריפות בקיץ. חוקרים אחרים טוענים שרעיית יתר פוגעת ב60%  מאדמות המרעה בעולם. התוצאה הישירה מכך היא הכחדת מינים רבים של צמחים ומינים של בעלי חיים הניזונים מצמחים אלה.

בשטחי המרעה שליד נופית, יש עליה הדרגתית בהתרבות הצמחים הקוצניים הבולטים בקיץ. אפשר כבר לראות את ניצני השינויים בהרכב הצמחייה החד שנתית בקרחות החורש, שם רועות פרות ועיזים ועם הזמן אולי ייעלמו מינים אחדים.

מיני הצמחים שלא יעמדו בתחרות שנכפתה עליהם בחלקות המרעה ולא יצליחו להתאושש ייעלמו. יש הבדל משמעותי בין צורת הרעייה של פרות לזו של עזים. הפרות חותכות את העשב בעזרת הלשון ובולעות (בלי ללעוס) כמויות גדולות של עשב לקיבת האחסנה ורק אז הן מתיישבות ומעלות גרה במשך שעות. הן מעלות מנות מדודות של עשב מקיבת האחסנה לפה, לועסות היטב ובולעות לקיבה שנייה שמפרקת אותו ( יש להן 4 קיבות). כל פרה זקוקה לארבעים ק"ג עשב ליום ולא תמיד זה מצוי בשטח המצומצם בקרחות החורש הטבעי. גם העיזים מעלות גרה, אולם הן תולשות את הצמחים מהשורש בעזרת השיניים ו"מנקות" את השטח מכל עשב (שראוי לאכילה) על כל חלקיו.

המורדות המערביים והצפון מערביים של נופית הם חלק משמורת טבע, הנמשכת עד שער העמקים. בעבר (לפני הקמת נופית), לא התקיים מרעה בשמורת הטבע זו. עם הקמת היישוב ( בשנת 1987), ניתנו אישורי רעייה בשטח זה, כעסקה לחילופי שטחי מרעה .לכן צריך לעקוב אחר השינויים שעלולים לחול בהרכב הצמחייה בחורש הטבעי. החורש משתרע במורדות המערביים של הגבעה, עד לוואדי שבו עובר שביל ישראל לכיוון נחל ציפורי.

הצמחים העיקריים שראיתי בחורש זה הם: אלון מצוי, אלון התבור, לבנה רפואי, חרוב מצוי, אורנים נטועים, עוזרר קוצני, אשחר ארץ ישראלי, בר זית בינוני, קידה שעירה, אלת המסטיק, רותם המדבר, סירה קוצנית ועוד. המטפסים הבולטים בחורש הם: זלזלת הקנוקנות, קיסוסית קוצנית, פואה מצויה יערה איטלקית, אספרג החורש ושרביטן מצוי (דו ביתי).

גיאופיטים:  כלנית, רקפת, עירית גדולה, כתמה עבת שורשים, חצב מצוי, נץ החלב, סתוונית היורה, כדן מצוי, כרכום חורפי, זמזומית, אירוס אחר הצהריים (צהרון), נורית אסיה, נורית מגובששת, צבעוני ההרים ופרג מצוי. צמחים עשבוניים רב שנתיים וחד שנתיים: אזוב מצוי, טיון דביק, פגם מצוי, שלהבית דביקה, שומר דל קרנות, מרוות ירושלים, מרווה משולשת, גזר קפח, קורטם דק, גדילן מצוי, ברקן סורי, חוח עקוד, קיצנית עטופה, תלתן תריסני, תלתן הפוך, טופח נאה, נשרן הדוחן, שיבולת שועל, חרדל לבן, קיפודן מצוי, חרחבינה מכחילה, דרדר הקורים לשישית הצבעים, חרצית עטורה, סביון אביבי ועוד. הכיסוי הצמחי בחלקים גדולים של המורד הוא בין 90%  ל 100% כך שרק בשטחים הפתוחים של החורש (שהם מעטים), גדלים צמחים עשבוניים חד שנתיים הראויים למרעה.

שטחים אלה, אינם יכולים לספק את תצרוכת המזון לעדרי הפרות ולעדרי העזים. כושר הייצור של שטחי החורש הסבוך נמוך והשטחים אינם יכולים להחזיק עדרים גדולים. מכאן שרעייה מופרזת על שטח מצומצם, עלולה לגרום לנזקים אקולוגים, לשינוי בהרכב הצמחים ולעתים להכחדת מינים של צמחים ובעלי חיים הניזונים מהם. מחקר שנעשה בארץ, בחלקת מרעה בחורש ובחלקת ביקורת (בחורש דומה), הוכיח שבשדה המרעה נעלם מין מסוים של צמח ובחורש הביקורת לא השתנה דבר. הוכח גם במקרים אחרים בעולם, שמינים של צמחים נעלמו בשטחי המרעה בהשוואה לשטחי הביקורת. הגיאופיטים ( צמחי בצל ופקעת) לעומת זאת, נפגעים פחות, כי הם תלויים בפקעות ובבצלים שמתחת לאדמה לשרידותם ולהתרבותם. בכל שנה רואים מרבדים גדולים של פרחי כלניות בשטחי המרעה של אלונים, על אף שהצמחים נרמסים על ידי הפרות. הם לא ניזוקים כמו הצמחים החד שנתיים.

במחקרים אחרים, הגיעו למסקנה שרעיית בקר בחורשים הטבעיים אינו יעיל, כי התוצרת דלה והנזקים לסביבה רבים. תרומתם של שטחי החורש המצומצמים (הפתוחים) שבמורדות גבעת הישוב, להזנת עדרי הבקר והצאן היא נמוכה, הרווח קטן והנזק עלול להיות גדול לצומח הטבעי ולחיות הבר המאבדות את בית גידולן. סכנה נוספת שעלולה להיות מהרעייה בחורש זה, היא חשיפת הקרקע לסחף של אדמת טרה רוסה בגשמי החורף.  אפשר לראות שיש התגברות של צמחים קוצניים חד שנתיים בשדות המרעה (כגון קורטם דק), העלולים להתפשט בהדרגה על חשבון צמחים חד שנתיים אחרים.  

יש חוקרים הטוענים שרעיית צאן ובקר, עשויה לדלל את סבך החורש ולמנוע התפשטות שריפות בתוכו. קרחות החורשים הסמוכים לישוב, אכן נראים בקיץ "נקיים" מצמחים עשבוניים חד שנתיים, שהעזים לחכו עד לשורשים. אולם הצמחים הקוצניים הבולטים בריכוזם בפאתי חלקות המרעה, עלולים להתחיל שריפות בחורש הטבעי. בינתיים, השאלה לגבי התועלת או הנזק מרעיית צאן ובקר בחורש הטבעי, נשארה פתוחה, כי הדעות חלוקות על כך.