כאשר אנו קוראים את שמות בעלי החיים או הצמחים בתנ"ך, הם נראים לנו מוכרים וכך גם זיהויים בטבע או במשק החקלאי. אולם לא כך הדבר, כי כותבי התנ"ך על כל פרקיו, התעניינו באדם ובמעשיו, באמונתו ובקשר עם אלוהיו. הם לא התכוונו לתת לנו תיאור זואולוגי על בעלי חיים שחיו בסביבתם, או תאור בוטני על צמחי הבר ועל גידולים חקלאיים בעונתם.  

הם תארו את החי והצומח תמיד בהקשר לאדם, כדי להמחיש במשל או בדימוי, את תכונותיו את התנהגותו ואת צרכיו. כבר בתקופת התלמוד ביטא זאת רבי יוחנן " החכמים יודעים את השמות ולא את בעלי החיים עצמם" (חולין, ס"ג ב). אף על פי כן, חשוב להתהלך בארץ  לאורכה ולרוחבה ולקרוא בתנ"ך על הנופים המוכרים. בספר ויקרא (פרק י"א) ובספר דברים (פרק י"ד), יש רשימה של בעלי חיים שאינם כשרים ואסורים באכילה ואלה המותרים. לדגים ניתנו סימנים ברורים המאפשרים להבחין בין אלה הכשרים שיש בהם סנפירים וקשקשים והאחרים. בעל חיים כשר מבין היונקים הוא זה שמעלה גרה, שוסע שסע, ומפריס פרסה.

במגילת "שיר השירים" יש תיאורים ודימויים הלקוחים מעולם החי והצומח ומשוט בנופי ארץ ישראל. החל משניר וחרמון והררי בתר, דרך העמקים, הכרמל והשרון, עד ירושלים והמדבר. בספר תהילים (ק"ג) יש תאור אקולוגי וישעיהו הנביא, מתאר את כל שלבי הכנת הקרקע הסלעית עד לנטיעת הכרם. בפרקי תנ"ך אחרים אפשר לקרוא תיאורים על נחלים ומים זורמים, הרים ועמקים, יער, חורש, מדבר ובתי גידול מגוונים. הרבה בעלי חיים המוזכרים בתנ"ך אינם בהכרח זהים לשמות של היום ועליהם יש מחלוקות בין החוקרים. פרופסור יהודה פליקס ז"ל עסק במחקר על הטבע והחקלאות במקרא וכתב על כך מאמרים וספרים. הוא הציע והסביר דברים שהתקבלו על ידי חלק מחוקרים ועדיין קיימות מחלוקות. למרות אי הודאות הקיימת בזיהוי שמות החי במקרא, הנה חלק מהשמות שבהם אנו משתמשים עד היום.  

אריה, לביאה, נמר, דוב, שועל, כלב, תן, גמל, נאקה, בכרה, סוס, סוסה, חמור, אתון, ערוד, פרא, ראם, יחמור, צבי, שור, חזיר, יעל, שפן, עכבר, עטלף, חולד, יונה, תור, ינשוף, תנשמת, אנפה, דוכיפת, חסידה, ינשוף, נץ, נשר, עיט, עורב, שחף, עגור, לטאה, חומט, נחש, שרף, פתן, תנין, צפרדע, זבוב, דבורה, צרעה, ארבה, חגב, חרגול, ילק ועוד.

לעולם הצומח יש נציגות נכבדה לאורך ספרי התנ"ך ופרקיו. גם הצמחים מוזכרים בהקשרים ישירים או עקיפים לאדם. בשיר השירים יש דימוים יפים מעולם החי והצומח. יש איסור על כריתת עצים ובפרט עצי פרי, גם בעת מלחמה ומצור. הושע הנביא מציין שלושה עצים שראה גדלים ביחד בגליל התחתון המערבי, קרוב לודאי שהתהלך בגבעות אלונים טבעון וכתב: "אלון לבנה ואלה כי טוב צלה". אברהם נטע אשל בבאר שבע, עץ השקד בירמיהו, עמוס בולס שקמים, דבורה תחת התומר, היער ושני הדובים, צמחי ארבעת המינים הקשורים לחג הסוכות וצמחי שבעת המינים שהתברכה בהם ארץ ישראל. צמחי גן ירק ומקשה, מטעים, פרדסים וכרמים, גינת אגוזים, שקדים, צמחי מרפא, צמחי בושם ועוד.

מקצת משמות הצמחים המוזכרים במקרא: חיטה, שעורה, גפן, רימון, זית, תמר, אלון, לבנה, אלה, ארז, ברוש, אגוז, צפצפה, שקמה, ערער, ערמון, קיקיון,  אשל, שיטה, רותם, סירים (סירה קוצנית), ערבה, הדס, חבצלת, דודאים, כרכום, קנה, קינמון, מור, לבונה, ענבים, אבטיחים, שום, בצל, סרפד, חוח, דרדר ועוד. על מנת להכיר במרוכז חלק מצמחי התנ"ך, אפשר לבקר בשמורה לצמחי המקרא " נאות קדומים" שאותה הקים נוגה הראובני שכתב את הספר "טבע ונוף במורשת ישראל" ועוד.