תהליך האבולוציה של הפטריות, תלוי בתהליך האבולוציה של הצמחים הירוקים המבצעים פוטוסינתזה. רוב הפטריות הן ספרופיטיות הניזונות מחומר אורגני ומרקב של צמחים ובעלי חיים, ומיעוטן הן פרזיטיות הלוקחות את חומרי המזון, מתאים של צמחים חיים. הפטריות מעדיפות לחיות במקומות לחים ואפלים ואינן זקוקות לאור כי אין להן פוטוסינתזה. הן יכולות להתפתח על צמחים ובעלי חיים ובתוכם, ולגרום נזקים כבדים לצמחים בחקלאות, לבעלי חיים ולאדם.  

הפטריות מביאות גם תועלת כגון, פרוק חומרים אורגניים בטבע למולקולות פשוטות. השמרים עוזרים בהתפחת הלחם, פטריות העובש מייצרות פניצילין, פטריות רבות משמשות בתעשיית הגבינות, הבירה ועוד. קיימת סימביוזה בין האורנייה לבין שורשי האורן. חוטי התפטיר של הפטרייה הפרושים בקרקע סופגים מים עם מינרלים ומעבירים אותם לשורשי האורן וחוטי התפטיר לוקחים מהאורן חומרי הטמעה אורגניים כגון סוכרים לצורכי תזונה של כל חלקי הפטרייה.

לפטריות יש  שלוש אפשרויות להשיג מזון . 1. צורה ספרופיטית היא קבלת מזון מחומר אורגני (רקב) של צמחים ובעלי חיים שמתו. 2. צורה פרזיטית היא השגת מזון אורגני, מינרלים וויטמינים מצמחים ירוקים חיים. 3. צורת סימביוזה מאפשרת חיי שותפות, בין פטרייה לצמח ירוק כך שכל אחד נותן ומקבל. אף על פי שרק מיעוטן של הפטריות הן פרזיטיות, הצמחים הירוקים "למדו" במהלך האבולוציה להתגונן מחדירתן לתוך תאיהם. הדופן העבה של התא הצמחי מגנה עליו מפני חדירת פטריות, חיידקים וגם וירוסים. ההגנה השנייה של התא היא ביצירת חומרים משמידי פטריות ובקטריות. חומרי הגנה אלה אינם מיוצרים בתנאים ובתהליכים רגילים, אלא רק כאשר נוצרת אינפקציה בצמח על ידי פרזיטים. ההתקפה על הצמחים היא מאוד ממוקדת, כך שסוג פטרייה מסוים יתקוף רק סוג צמחים מסוים ולא אחרים, אפילו שהם גדלים לידו.

הנזקים הגדולים בחקלאות נגרמים מהתקפת פטריות טפיליות על גידולי שדה אחידים (מונוקולטורה), כגון התקפה על שדה חיטה, על ידי פטריית הפחמון. בשנות 1845 – 1847 תקפה פטריית כימשון את גידולי תפוחי אדמה ברחבי אירלנד והיה רעב כבד שהביא למותם של מיליונים ולהגירתם של מיליוני אירים לארה"ב. אם מגדלים גידולים מגוונים באותו השדה ( כמו בבוסתנים של העבר), הנזק ממחלות וממזיקים יהיה מועט בהשוואה לגידול אחיד. למשל פטרייה התוקפת צמחים ממשפחת הקטניות, לא תתקוף בדרך כלל צמחים ממשפחת המצליבים או הדלועיים.

קיימות לפחות שלוש דרכים להשגת מזון על ידי פטריות פרזיטיות: 1. הפטריות מייצרות אנזימים כדי לפרק את דופן התא והקוטיקולה. 2. הפטריות מייצרות חומרי רעל (טוקסינים) המפריעים למנגנוני התא לפעול, או מפסיקים את פעולתם. 3. הפטריות מייצרות הורמונים המשבשים את הפעילות ההורמונאלית של התא. למשל פטרייה בשם גיברלה מייצרת הורמונים בשם גיברלינים המשפיעים על גידול צמח פונדקאי.

מבחינים בין שני טיפוסי פטריות פרזיטיות: 1. פרזיטית נקרוטרופית, התוקפת צמח והורגת אותו, אולם הפטרייה מסוגלת להמשיך להתקיים על החומר האורגני של הצמח המת. 2. פרזיטית ביוטרופית, כלומר הפטרייה הפרזיטית והצמח הפונדקאי חיים ביחד שנים רבות. היא לוקחת את מזונותיה מהצמח הפונדקאי הירוק, אולם היא לא מביאה למותו. לפטריות הטפיליות יש נציגות בכל המחלקות של ממלכת הפטריות.

פטריות כובע שייכות ברובן למחלקת Basidiomycetes   ונחשבות למפותחות בממלכת הפטריות. הן מחולקות לפטריות בעלות נקבים ולפטריות בעלות דפים (יש להסתכל על הצד התחתון של הכובע). הכובע הבולט מעל לאדמה, תפקידו היחיד לייצר נבגים. הוא מהווה את איבר הרבייה של הפטרייה, והגוף עצמו נמצא באדמה בצורה של חוטי תפטיר סבוכים ( Mycelium). כאשר התנאים מתאימים, גוף הפטרייה החבוי באדמה, יוצר חוטים מיוחדים חדשים ) Hyphae ) היוצרים את הכובע בתהליך הנמשך מספר שבועות.   

שכאשר הנבגים מתנתקים מהדפים שבתחתית הכובע, הם יכולים לשרוד זמן רב עד שהתנאים יתאימו לנביטתם. כאשר הנבג (שהוא הפלואידי – בעל סט אחד של כרומוזומים - n) נובט, הוא מוציא קור ראשוני רב תאי. כאשר שני קורים כאלה (מאותו המין) נפגשים ויש חיבור מלא של הציטופלסמה שלהם, נוצר קור משני בעל שני גרעינים. מהקור המשני יתפתח תפטיר סבוך של חוטים המפתח את גוף הפרי שבכל תאיו יש שני גרעינים. אם גוף הרבייה הוא כובע הפטרייה, אז גוף הפרי יתפתח בדפים שמתחת לכובע ובו נעשית חלוקת הפחתה (מיוזה) שיוצרת ארבעה תאים הפלואידים שכל אחד הופך לנבג.

מבין פטריות הכובע האכילות, מוכרת "אורנית המצויה" (או אורנייה) הגדלה בעונת החורף ביערות האורנים. הכובע שלה חום ודביק, עם נקבים בחלקו התחתון. פטריית האורנית, חיה בסימביוזה (מיקוריזה) עם שורשי עץ האורן. חוטי הפטרייה שבאדמה, יונקים מים ומינרלים ומעבירים אותם לשורשי האורן והפטרייה מקבלת חומרי הטמעה אורגניים כגון סוכרים שהיא לא מייצרת, כי אין לה כלורופיל ולא פוטוסינתזה.

ביערות אלונים גדלות גם פטריות רעילות כגון אמניטה, בעלת כובע חום בהיר מנוקד בלבן, רגל ודפים לבנים וכן טבעת מסביב לרגל, האופיינית לרוב פטריות הרעל.