במשך שנים, השתמשו החקלאים בהדברה כימית נגד מזיקי קרקע וצמחים, אך לאחרונה, רבים מהם מאמצים חקלאות אורגנית, המנסה לשמור על גיוון ביולוגי ואיזון אקולוגי של הסביבה. הם מנסים לשמור על קרקע חייה ומאוזנת, בלי להשתמש בדשנים ובריסוסים כימיים, שפגיעתם רבה ורחבה.   

בעמק יזרעאל ועמק בית שאן למשל, הותקנו בשדות כארבע מאות תיבות קינון עבור בזים, הצדים מכרסמים ביום, ותנשמות הצדות בלילה, על מנת להגדיל את אוכלוסיית הדורסים ולהמעיט את אוכלוסיית המזיקים. בז אחד מסוגל לאכול עד 1000 מכרסמים בשנה וכך גם התנשמת.

על מנת לייצר מזון בדרך טבעית, חייבים לפעול במערכת רחבה של אמצעים, שלא יפרו את האיזון הסביבתי, ולא יפגעו באדם ובאדמה. כדי לחטא את הקרקע ממחלות ומזיקים, אפשר להשתמש בדרך סולארית ולא בכימיקאלים. אפשר להכין חומר אורגני (קומפוסטציה) לזיבול השדות, מבלי להשתמש בדשנים כימיים המחלחלים למי התהום ולמקורות מי השתייה.

עדיף לפזר חיפושיות הטורפות את כנימות העלים, על פני ריסוסים כימיים. בכך נמנע זיהום קרקעות, והרעלת התוצרת החקלאית המסכנת את הבריאות. בכל שנה, נפגעים בעולם עשרות אלפי בני אדם, מהרעלת מזונות שרוססו  בחומרים כימיים. חשוב להשתמש במחזור זרעים וגוון גידולים, כדי למנוע דלדול קרקעות והפחתת מזיקים ומחלות, וצריך להשיב מיקרואורגניזמים שנעלמו  בקרקע החקלאית.

יש מחקרים העוסקים בהחדרת גנים זרים לצמחים על מנת להגדיל יבולים, ולהלחם במחלות ומזיקים. הנדסה גנטית נעשית גם בגידול בעלי חיים במשק החקלאי. בטווח הקצר רואים תוצאות טובות בשיפור התוצרת החקלאית הבאה מהחי ומהצומח, אך אי אפשר לחזות את ההשפעות לעתיד הרחוק. הגנים החדשים עלולים לעבור בתורשה לדורות הבאים, והצמחים הנושאים אותם עלולים להשתלט על סביבתם. צמחים שעברו הנדסה גנטית, עלולים להאביק צמחי בר בני משפחתם וכך לגרום לשינויים אקולוגיים בשדות הבור ולהכחדת מינים טבעיים. כאשר צמחי תרבות שעברו הנדסה גנטית, הופכים פליטי תרבות בשדות הבר, עלול להיפגע האיזון האקולוגי בסביבה.                                                              

בהדברה ביולוגית, משתמשים בחיפושיות להקטנת אוכלוסיית כנימות העלים ובצרעות נגד זבובים. זה התחיל בסוף המאה התשע עשרה, כאשר כנימת עלים בשם "איצריית הדרים" תקפה את פרדסי קליפורניה, וגרמה להתייבשות העצים ולמותם. באותן השנים, הובאה מאוסטרליה חיפושית קטנה בשם מושית השבע (פרת משה רבנו), שטרפה את הכנימות, ובתוך שנתיים גדלה מאוד אוכלוסיית החיפושיות, וקטנה מאוד אוכלוסיית הכנימות, עד לאיזון ביניהן.

החיפושיות הבוגרות והזחלים, ניזונים מהכנימות, אך הן ממשיכות להתקיים בצורה מוחלשת מבלי לגרום נזק להדרים. בטבע מתקיימת הדברה טבעית, ויש איזון קבוע בין הטורפים לנטרפים. אך בהדברה ביולוגית יזומה, מביאים לשטח אויבים טבעיים, הטורפים את המזיקים, שאינם מפתחים עמידות נגד הטורף, כמו בהדברה כימית.

בקיבוץ שדה אליהו שבעמק בית שאן, מגדלים "אקרית טורפת" (מין עכביש), למלחמה ביולוגית בחקלאות (לעכבישים יש שמונה רגליים ולחרקים יש שש רגליים). האקרית מתרבה מהר מאוד, טורפת חרקים מזיקים, ומפחיתה את אוכלוסייתם, עד שאינם מהווים בעיה לגידולים החקלאיים. במקומות אחרים, מגדלים צרעה טפילית, הניזונה מרימות זבובים. הצרעה עוקצת את הרימה ומשתקת אותה, מטילה את ביציה בגופה, והזחלים הבוקעים מהביצים, ניזונים מגוף הרימה.                                   

יש חיפושית בשם יקרונית, המטילה את ביציה מתחת לקליפת עצי האיקליפטוס, שם הן מוגנות. עם בקיעת הזחלים מהביצים, הם מתחילים מיד לנבור בתוך הגזע, אל פנים הליבה, אוכלים וגדלים. להגנתו העצמית, מפריש האיקליפטוס שרף דביק וצמיג, לתוך דרכי הנבירה של זחלי היקרונית, כדי לעצור את התקדמותם. אולם באזורים חמים, העץ אינו מפריש שרף והזחלים תוקפים ביתר קלות. בעבר, רוססו עצי האיקליפטוס בחומרים כימיים, אך הזחלים לא נפגעו בפנים הגזע. הנבירה והאכילה של הגזע גורמת לניתוק צינורות ההובלה למים ולמזון והעץ עלול להתייבש.

באוסטרליה נמצאה צרעה קטנה, שלא עוקצת בני-אדם, אלא רק את זחלי היקרונית שמתחת לקליפת האיקליפטוסים. הצרעה מסוגלת להחדיר את העוקץ לתוך הקליפה, לעקוץ את הזחלים של החיפושית ולשתקם. הדברה ביולוגית זו, הוכיחה עצמה כיעילה נגד התפשטות חיפושית היקרונית, ביערות האיקליפטוס, והעצים אינם מתייבשים ומתים.