בתקופות עתיקות, קברו מתים עם תכשיטים וצידה לדרך, ואף בנו עבורם ערי מתים מושקעות ומפוארות, על מנת לעבור בנוחות תקופה זו, עד לתחיית המתים. עיר מתים (נקרופוליס) כזו, נחפרה בגבעות הקרטון של בית שערים, ובמערות תת קרקעיות, נקברו בסרקופגים חשובי הדור, חכמיו ועשירים שהובאו ממרחקים. נקרופוליס מפורסם הוא עמק המלכים במצרים העתיקה, ואתרי קבורה עתיקים, מושקעים, בדרום אמריקה.    

בבית שערים, לרגלי גבעת זייד (שיך אברק), נחשפו עוד מערות קבורה עם סמלים יהודיים, ונפתחו לקהל המבקרים. בשנות השלושים של המאה העשרים, התגלו מערות בית שערים על ידי חבר גרעין קיבוץ אלונים, בשם נחום מרון, על פי עדותו. בשנת 1936 , נחום הגיע עם חברים נוספים לעזרת אלכסנדר זייד, בשמירה על המקום מפני פורעים. יום אחד יצאו מספר חברים למטווח באקדח, בתוך מערה בסביבה, והוא נחום, השתעשע בזריקת אבנים בסביבה, ואחת מהן פגעה בפתח חלול באדמה. הוא קרא לחבריו לבוא לראות מה יש שם, וגילו ציור של מנורה בפתח מערה. הם סיפרו לאלכסנדר זייד, שיצא מיד לראות את פתח המערה והסמל היהודי שבלט בו. זייד סיפר ליצחק בן צבי, שהיה אז נשיא הועד הלאומי, שהודיע על כך לפרופסור לארכיאולוגיה, בנימין מזר.

הסיפור המוכר יותר בציבור הוא, שבשנת 1936 , אלכסנדר זייד, שהיה שומר על אדמות הקרן הקיימת לישראל בסביבת גבעות שיך אבריק, גילה במקרה פתח באדמה לרגלי הגבעה שעליה התיישב. הוא נכנס בזחילה דרך הפתח הצר, וגילה מערה עם קברים עתיקים. בעקבות זה, החלו חפירות ארכיאולוגיות במקום על ידי בנימין מזר שנמשכו ארבע שנים. מכל מקום, אלכסנדר זייד התיישב עם משפחתו על גבעת שיך אברק בשנת 1926 ורכב על סוסו ברחבי העמק כדי לשמור על אדמות היהודים שנרכשו בסביבה זו. ערב אחד ביולי של שנת 1938 בדרכו חזרה לביתו, הוא נרצח במארב שטמן לו בדואי מהאזור. במלאת שנה למותו, נערכה אזכרה בביתו, והגיע לשם המשורר אלכסנדר פן, שהקריא שיר שכתב לזכרו "אדמה אדמתי". 

בין השנים 1936 – 1940 , נערכו חפירות במקום, ונחשפו חלק מהממצאים. בשנות החמישים נמשכו החפירות על ידי אנשי האוניברסיטה העברית, שבסופן התגלתה עיר מתים שלמה (נקרופוליס), עם מערות קבורה רבות, מלאות סרקופגים וגלוסקמאות.

בשטח הכפר הקדום, התגלו שרידי בית כנסת, מבנים ציבוריים, בית בד, מפעל זכוכית, מערות קבורה וכן בניין רחב ידיים, שבודאי שימש את הסנהדרין. לאחר שמסיירים בכמה מערות ובמוזיאון הנמצא באחת מהן, עולים ברגל לגבעת שיך אברק, עד לפסל הברונזה של אלכסנדר זייד רוכב על סוס. מהפסגה, צופים על שדות עמק יזרעאל, על הר הכרמל ועל יערות אלוני התבור המכסים את גבעות אלונים טבעון. בתקופת המאורעות של שנות  1938 – 1939 , נבנו ברחבי הארץ ישובי חומה ומגדל שסיפקו הגנה לחלוצים נגד התקפות פתע של פורעים.

הישוב היהודי הקדום בית שערים, היה מרכז לימוד, ומקום מושב הסנהדרין, בימיו של רבי יהודה הנשיא חותם המשנה, שחי במאה השלישית לספירה. הישוב התקיים ושגשג מהמאה השנייה עד למאה הרביעית לספירה, ביחד עם אושא, שפרעם וציפורי, לפני שעבר המרכז הרוחני והסנהדרין לטבריה. בעקבות קבורתו של רבי יהודה הנשיא בבית שערים, יהודים מהארץ ומחוצה לה בקשו להיקבר סמוך אליו בעיר המתים, שהלכה והתרחבה מאז. אפשר לסייר בעתיקות בית שערים בכל עונות השנה ובכל מזג אוויר. בית שערים, הייתה עיירה יהודית באותה התקופה, שבה נחצבו מערות קבורה בגבעה הקרטונית ויצרו עיר מתים (נקרופוליס). אפשר למצוא בתוך המערות, סרקופגים (ארונות קבורה) מאבן גיר, מעוטרים בסמלים יהודיים כגון לולב ואתרוג, שופר, מנורת שבעת הקנים וכתובות בעברית. יש סרקופגים, שעליהם חרוטים תבליטים גיאומטריים, דמויות של בעלי חיים וכתובות ביוונית ובארמית. אחרי חורבן ירושלים ובית שני בשנת 70 לספירה, עבר המרכז היהודי (הדתי – מדיני) מירושלים ליבנה, שם הקים רבי יוחנן בן זכאי את הסנהדרין.

מאוחר יותר, נדד מרכז זה מיבנה לאושא אשר בגליל התחתון אף על פי שטבריה וציפורי היו ערים גדולות בהרבה. באושא חי רבי יהודה בן בבא בזמן מרד בר כוכבא (בשנת 135 לספירה), שם הוא הסמיך תלמידים כרבנים לאחר שהרומאים הרגו את רבי עקיבא ותלמידיו, ולאחר כשלון המרד.

אדריאנוס קיסר הטיל גזרות דתיות קשות על היהודים שחיו בארץ ישראל כעונש על המרד. באותן שנים, היה אסור להסמיך תלמידים לרבנות, אסור ללמוד תורה ועוד גזרות רבות, שהתבטלו בשנת 138 לספירה על ידי הקיסר אנטונינוס ששלט אחרי אדריאנוס.

בשנים אלו, עברה הסנהדרין מאושא לשפרעם (שתי עיירות יהודיות שכנות) ושנים לאחר מכן, העביר רבי יהודה הנשיא את הסנהדרין לבית שערים. בעיירה זו, השלים רבי יהודה הנשיא את עריכת המשנה (שישה סדרי משנה) בשנת 200 לספירה והיה נשיא הסנהדרין. בהיותו חולה, הוא עבר מבית שערים לציפורי (שבה היה אוויר טוב), והסנהדרין עבר עמו לשם, עד שנפטר בשנת 220 ונקבר בבית שערים. באותה מערה, נקברו לידו אשתו ובניו, רבי גמליאל ורבי שמעון. מערות הקרטון בבית שערים הפכו לאתר קבורה מבוקש על ידי יהודים מכל העולם של אז, משום שחרבה ירושלים ולא הייתה נגישות להר הזיתים ומשום שרבי יהודה הנשיא שהיה נערץ בכל קהילות ישראל קבור כאן. רבנים ויהודים עשירים, בקשו להיקבר באותה העיירה ובאותה המערה שבה הוא קבור. באמצע המאה הרביעית (352 ) לספירה, נחרבה בית שערים על ידי הרומאים, ובתקופה הביזנטית, היא עוד הייתה מיושבת זמנית עד שנחרבה, נעזבה ונשכחה מאז.