שמרים הם אורגניזמים חד תאיים, המשתייכים לממלכת הפטריות, הכוללת מספר מערכות עם כמאה אלף סוגים. המערכות המוכרות יותר הן פטריות בסיסה, כגון פטריות כובע (אורניה) וכן פטריות נאדית כגון עבשים ושמרים. יש פטריות מועילות ופטריות הגורמות למחלות בצמחים (כמו קמשון) ומחלות בבני אדם ובבעלי חיים. ידועים כחמישים סוגים של פטריות (כולל שמרים), הנמצאים באוויר ובגופו של האדם.

בשנת 1857 גילה לואי פסטר שהשמרים מסוגלים לפעול בסביבה אירובית ובסביבה אנאירובית. תאי השמרים ניזונים מסוכרים או מעמילן שהם מפרקים לסוכרים. פחמן דו חמצני הנפלט בתהליך הנשימה, יוצר בועות גז זעירות בתוך הבצק, הנלכדות ברשת הגלוטן (חלבון בדגניים) וגורם להתפחת הבצק. התרבות תאי השמרים, נעשית על ידי הנצה של תא קטן מתא האם המתנתק ממנו, ומתרבה בעצמו. השמרים יכולים להתקיים במצב רדום כנבגים, לתקופה ארוכה באוויר או על הקרקע, וכאשר תנאי הסביבה מתאימים (כגון לחות, טמפרטורה וקרקע מזון), הם עוברים משלב הנבגים לשלב של התחלקות מואצת, ויוצרים כמות גדולה של שמרים.                                                              

גרם אחד של שמרים, שמוסיפים לבצק, מכיל 10 מיליארד תאי שמרים. מגרם אחד של גלוקוז, מקבלים 250 סמ"ק גז CO2 ומקילוגרם חיטה ישתחררו חמישה ליטר גז פחמן דו חמצני. בשנים האחרונות, הושלם המיפוי הגנטי של תא שמר, ובו 6000 גנים.  

בין השמרים המועילים לאדם, יש גם שמרים פתוגניים (גורמי מחלות) כגון "קנדידה אלביקנס" ( Candida albicans ). פטרייה זו, נמצאת אצל רוב בני האדם, וחייה באברי הגוף, מבלי לגרום למחלה. אך כאשר היא מתרבה מאוד, בגלל חולשה של מערכת החיסון, או מסיבות אחרות, היא עלולה להפריש למעלה מ 70 סוגי רעלנים, ולגרום למחלות בגוף האדם. במקרים קשים, הפטרייה קנדידה, עלולה לעשות נקב בדופן המעי, להיכנס למערכת הדם ולהגיע לכל איבר בגוף. במצב רגיל, חייה הפטרייה בהרמוניה עם מיקרואורגניזמים אחרים במעי, אך כאשר מופר האיזון של החיידקים (על ידי אנטיביוטיקה למשל) והם מתמעטים, זה מאפשר לקנדידה להתרבות, ולהשתלט על שטחי המעי, ועל אברים אחרים. עודף שימוש בתרופות אנטיביוטיות, חומרים מדכאי חיסון, ורמת סוכר גבוהה בדם, מגבירים את התרבות פטריית הקנדידה במעיים, על חשבון החיידקים הטובים.

החוקרים טוענים שבארצות המערב המתועשות, שליש מאוכלוסיית בני אדם מרגישים את נוכחותה השלילית של הקנדידה בגופם, בדרכים שונות. אצל יתר האנשים היא נמצאת במצב מאוזן עם יתר המיקרואורגניזמים שבמעי, עד שמופר האיזון, והיא מתרבה מהר והופכת תוקפנית. אפשר לגלות את מחלת הקנדידיאזיס ( Candidiasis  ) בבדיקות שונות, כולל בדיקת דם וצואה. כאשר מתפרצת המחלה, זה סימן שמערכת החיסון נחלשה, וצריך לשקמה. הסימפטומים הנפוצים, בחלקם או במלואם, אצל החולים הם: עייפות כרונית, חולשת שרירים, רצון לנמנם במהלך היום, קושי להירדם בלילה, כאבי ראש, יובש בפה, שיעול, כאב גרון, קוצר נשימה, גזים ונפיחות בבטן, גירודים, שלשול או עצירות, צרבת, דלקות חוזרות בעור ובמפרקים, סחרחורת, חוסר ריכוז, בעיות בדרכי השתן, ורצון עז לאכול מאכלים מתוקים. כדי להתגבר על הבעיה, ממליצים על טיפול רצוף של כשלושה חודשים.

בזמן זה, צריך לחזק את המערכת החיסונית, עם תוספי מזון טבעיים ונוגדי חמצון, והגברת חומציות הקיבה והמעיים. פטרייה זו מתפתחת ומתרבה מהר רק בסביבה בסיסית, ומפסיקה את פעילותה בסביבה חומצית. בסביבה אופטימאלית לה, במצב גופני לא מאוזן, היא גוזלת מזונות חשובים מהמעיים ופוגעת בתפקוד החיידקים הטובים הנחוצים לעיכול.                   

ברפואה הקונבנציונאלית, יש טיפול תרופתי למחלה, וברפואה הטבעית, ממליצים על איזון מערכות הגוף על ידי תזונה נכונה, כדי לחדש ולגביר את אוכלוסיית החיידקים הטובים במעיים, על חשבון הפטרייה. בתקופת השיקום, יש להרבות באכילת ירקות מגוונים, עם שום ושמן זית, אך לא לאכול פירות מתוקים. לאורך תקופה זו, יש להימנע מאכילת סוכרים, פחמימות, קמח לבן,  משקאות עם קפאין, מזונות משומרים וכדומה.